神像や古い棟礼・板書、江戸初期の燈籠・石造物・瓦等多くの文化財が残ります。神像（江戸初期）は木造獅子狛犬と共に本殿及び洞神社内より、平成25年発見され、現在は大津市歴史博物館に寄託中です。また、芭蕉が幻住庵記の”弥陀の尊像”と書いた本地仏像（10世紀造、平安）は、明治初めの神仏分離令の影響で石山寺へ移座され保管されています。境内入口の神門（薬医門）は明治初めに膳所藩より寄進されたものです。
譽田別尊像
木造男神坐像 江戸時代（17世紀）
武内宿禰尊
洞神社内神像
木造男神坐像 室町時代（16世紀）摂社伝来
近津尾神社
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